ε- Η πολυλυσίνη είναι μια ανοιχτοκίτρινη σκόνη με έντονη υγροσκοπικότητα και ελαφρώς πικρή γεύση. Είναι ένα ευθείας αλυσίδας πολυμερές λυσίνης. Δεν επηρεάζεται από την τιμή του pH, είναι θερμικά σταθερό (120 μοίρες, 20 λεπτά) και μπορεί να αναστείλει τα ανθεκτικά στη θερμότητα βακτήρια, ώστε να μπορεί να υποστεί θερμική επεξεργασία μετά την προσθήκη. Ωστόσο, όταν συναντάμε όξινους πολυσακχαρίτες, υδροχλωρικά άλατα, φωσφορικά άλατα, ιόντα χαλκού κ.λπ., η δράση τους μπορεί να μειωθεί λόγω της δέσμευσης. Όταν συνδυάζεται με υδροχλωρικό οξύ, κιτρικό οξύ, μηλικό οξύ, γλυκίνη και υψηλότερα λιπαρά γλυκερίδια, έχει συνεργιστικά αποτελέσματα. Μοριακό βάρος μεταξύ 3600-4300 ε- Πολυλυσίνη έχει την καλύτερη αντιβακτηριακή δράση και όταν το μοριακό της βάρος είναι κάτω από 1300, η ε- Πολυλυσίνη χάνει την αντιβακτηριακή της δράση. Λόγω του γεγονότος ότι η πολυλυσίνη είναι ένα μείγμα, δεν έχει σταθερό σημείο τήξης και αρχίζει να μαλακώνει και να αποσυντίθεται πάνω από τους 250 βαθμούς. ε Η πολυλυσίνη είναι διαλυτή στο νερό και ελαφρώς διαλυτή στην αιθανόλη. Η ανάλυση του υπέρυθρου φάσματος του χαρακτηρισμού του δείχνει ότι υπάρχουν ισχυρές κορυφές απορρόφησης στα 1680-1640cm-1 και 1580-1520cm-1.